Dalam merekabentuk pesawat, beberapa susun atur pesawat telah dikaji. Saab akhirnya memilih reka bentuk sirip kecil yang tidak stabil. Konfigurasi sirip kecil memberi kadar olengan yang tinggi dan daya seretan yang rendah, membolehkan pesawat untuk terbang lebih laju, mempunyai jarak yang lebih jauh dan membawa muatan yang lebih besar.

Kombinasi sayap delta dan sirip kecil memberi kelebihan dan keupayaan yang lebih baik kepada pesawat Gripen semasa berlepas dan mendarat serta ciri-ciri penerbangannya. Sistem avionik yang bersepadu sepenuhnya membuatkan ia sebuah pesawat yang boleh diprogram. Pesawat ini juga mempunyai sistem peperangan elektronik terbina dalam, menjadikan pesawat ini berupaya untuk membawa lebih kelengkapan persenjataan tanpa kehilangan keupayaan untuk mempertahankan diri.

Pesawat Gripen adalah lebih fleksibel jika dibandingkan dengan pesawat kombat generasi awal yang digunakan oleh Sweden. Kos operasi Gripen adalah 2/3 daripada kos operasi bagi pesawat JA 37 Viggen.

Spesifikasi Gripen memerlukannya beroperasi dengan menggunakan landasan sepanjang 800 m. Di awal program, semua penerbangan dari kemudahan Saab di Linköping adalah menggunakan landasan seluas 9 m × 800 m. Jarak berhenti dipendekkan dengan menambahkan brek udara yang agak besar, yang mana menggunakan "permukaan" untuk mengawal dan menekan pesawat ke bawah, ini membolehkan brek tayar memberi lebih kuasa, sirip kecil akan dicondongkan ke depan, membuat ia menjadi brek udara yang besar dan memberi bantuan tambahan untuk menekan pesawat ke bawah.

Salah satu ciri yang paling menarik adalah keupayaan pesawat Gripen untuk mendarat di atas jalan raya, yang mana ini merupakan sebahagian daripada strategi pertahanan Sweden. Semasa di darat, pesawat ini akan diisi bahan api dan dilengkapi senjata dalam masa 10 minit oleh 3 orang krew bergerak yang beroperasi dengan menggunakan trak. Setelah itu, pesawat ini akan berlepas dan menyambung tugasan.

Radar

Pesawat Gripen menggunakan radar moden jenis denyutan-doppler PS-05/A, dibangunkan oleh Ericsson dan GEC-Marconi, berdasarkan radar termaju Blue Vixen untuk pesawat Sea Harrier (juga memberi inspirasi kepada radar CAPTOR untuk pesawat Eurofighter).

Radar ini berupaya untuk mengesan, mencari, mengenal pasti dan menjejak beberapa sasaran secara automatik dalam lingkungan atas dan bawah sama ada di permukaan, laut atau udara, dalam semua keadaan cuaca.

Kokpit

Kokpit mempunyai 3 paparan berwarna di bawah dan peralatan kecemasan digital yang unik. Susun atur kokpit menyediakan antaramuka manusia-mesin yang mana meringankan beban juruterbang secara drastik dan meningkatkan kesedaran situasi, ia juga berpotensi besar untuk diperkembangkan lagi pada masa depan.

Kokpit pesawat ini menyediakan kawasan paparan 30% lebih luas berbanding kebanyakkan pesawat-pesawat lain. Paparan pelbagai fungsi menggunakan kira-kira 75% daripada ruang yang ada.

Ruang kokpit dikuasai oleh 3 paparan iaitu paparan kristal cecair aktif-matriks (15.7 x 21 cm), paparan pelbagai fungsi dan paparan pandang atas (HUD) skrin lebar (20 x 28 darjah). Paparan ini dilengkapi dengan penderia cahaya berkomputer untuk mengawal keterangan dan kontras.

Juruterbang menerbangkan pesawat dengan menggunakan center stick dan pendikit di sebelah kiri.